细菌：真菌

鸳：鸯

地下水：饮用水

原子：电子

峨眉月：下弦月

细菌和真菌都是微生物的一种，细菌是原核微生物，真菌为真核微生物，除此之外还有非细胞类微生物，比如病毒，二者为反对关系。

A项：鸳鸯中的鸳意指雄鸟，鸯意指雌鸟，二者为矛盾关系，与题干逻辑关系不一致，排除；

B项：地下水是指赋存于地面以下岩石空隙中的水，饮用水是指可以不经处理、直接供给人体饮用的水，有的地下水是饮用水，有的地下水不是饮用水，有的饮用水是地下水，有的饮用水不是地下水，二者为交叉关系，与题干逻辑关系不一致，排除；

C项：原子包含带一个基本电荷的正电的质子和不带电的中子组成的原子核以及与质子数相同的核外电子，二者为组成关系，与题干逻辑关系不一致，排除；

D项：峨眉月，农历月底和月初的月亮或月相，下弦月，农历每月二十二、二十三日的月亮或月相，除此之外还有上弦月等，二者为反对关系，与题干逻辑关系一致，当选。

故本题选D。