细胞自噬指双层膜结构的自噬体与溶酶体融合后，自噬体包裹的损坏蛋白或细胞器被降解，物质得以循环利用。根据以上信息分析，正确的是$\rm (\qquad)$

细胞自噬等同于细胞凋亡

降解蛋白质的酶在溶酶体中合成

自噬体是具有两层磷脂分子的细胞结构

控制细胞自噬的基因突变可能导致某些疾病

1、溶酶体：含有多种水解酶，能分解衰老、损伤的细胞器，吞噬并杀死侵入细胞的病毒或病菌；

2、细胞凋亡指为维持内环境稳定，由基因控制的细胞自主的有序的死亡。

根据题干信息“细胞自噬指双层膜结构的自噬体与溶酶体融合后，自噬体包裹的损坏蛋白或细胞器被降解”，说明细胞自噬不是基因控制的自主死亡，$\rm A$错误；降解蛋白质的酶的化学本质是蛋白质，其合成场所是核糖体，$\rm B$错误；自噬体具有双层膜结构，因此具有四层磷脂分子，$\rm C$错误；细胞自噬可以降解损伤蛋白质或细胞器，因此控制细胞自噬的基因突变可能导致某些疾病，$\rm D$正确。

故选：$\rm D$。