长期使用化肥可使土壤酸碱化，导致土壤肥力下降并污染环境。下列修复和改良酸碱化土壤的措施中，不属于生物工程措施的是$\rm (\qquad)$

设计构建物质和能量多级利用的现代农业种植体系

增施有机肥，种植耐酸碱的农作物，秸秆还田

施用化学改良剂或一些矿质肥料改善土壤的理化性质

分离和筛选耐酸碱的微生物作为功能菌制成微生物肥料

生物工程是利用生物学与工程学相结合的方法，按照人类的需要设计和改造生物的结构与功能,以便绿色、高效、经济地制造各种产品的新型学科，是生命科学从实验室研究通向工业生产的桥梁。生物工程包括五大工程：基因工程、细胞工程、微生物工程、酶工程、生物反应器工程。

$\rm A$、设计构建物质和能量多级利用的现代农业种植体系，实现了物质的循环再生，减少了废弃物的产生，属于生态工程，$\rm A$正确；

$\rm B$、增施有机肥，种植耐酸碱的农作物，秸秆还田，符合生态工程所遵循的物质循环再生原理，$\rm B$正确；

$\rm C$、施用化学改良剂或一些矿质肥料，改善土壤理化性质，减轻或消除盐碱危害作用属于化学修复方法，不属于生物工程，$\rm C$错误；

$\rm D$、分离和筛选耐酸碱的微生物作为功能菌制成微生物肥料，可增加土壤中的物种多样性，提高生态系统的稳定性，功能菌作为分解者，在一定程度上加快了土壤中的物质循环，属于生物工程，$\rm D$正确。

故选：$\rm C$。