中国近代史上确立“民商合一”的民法典编纂体例的政权是：

清末政府

中华民国南京临时政府

中华民国北京政府

中华民国南京国民政府

本题考查民法知识。

民商合一是指民事和商事统一立法，将商事方面的内容编入民法典中，或以单行法规的形式出现。南京国民政府在制定民法典时，由立法院院长胡汉民、副院长林森提议制定民商统一之民法典，于1929年编成，主要依据是，民法和商法并无确定的界限，两法并立既不便于立法，又有碍于使用。

故本题选D。