在某动物的初级卵母细胞中，由一个着丝粒相连的两条姐妹染色单体所携带的基因不完全相同，其原因一定不是$\rm (\qquad)$

发生基因突变

发生过交换

染色体结构变异

发生了自由组合

由一个着丝粒相连的两条染色单体是由同一条染色体复制而来，一般完全相同，若所携带的基因不完全相同，原因可能是基因突变、同源染色体中非姐妹染色单体互换或染色体结构变异。

$\rm ABC$、若由一个着丝粒相连的两条姐妹染色单体所携带的基因不完全相同，可能原因有：①在细胞分裂的间期，$\rm DNA$复制时发生了基因突变；②减数分裂的四分体时期，同源染色体的两条非姐妹染色单体之间发生互换（交换）而导致基因重组；③发生过染色体结构变异中的易位，$\rm ABC$不符合题意；

$\rm D$、自由组合是指在减数第一次分裂的后期，同源染色体分离时，非同源染色体自由组合，使非同源染色体上的非等位基因自由组合，该过程不会导致姐妹染色单体上所携带的基因不完全相同，$\rm D$符合题意。

故选：$\rm D$。